Atualmente, São José conta com coleta de resíduos orgânicos, coleta seletiva, dois ecopontos, o Ponto de Entrega Voluntária (PEV) e o serviço de coleta de resíduos volumosos — destinado a regiões distantes do PEV ou a residências que não têm condições de levar o material até um ponto de descarte adequado.